Вполне здравая система управления предприятием.
Директор, как ИП всем имуществом по своим обязательствам отвечает - гарантии для участников/акционеров.
По технике:
1. Хорошо бы разработать обоснование перехода на новую систему управления - записать целевые показатели на период, по истечении которого директор представит отчет о достижении.
2. Уволить обязательно, т.к. ст. 264 п.1 подп. 44. - ИП не должен числиться в штате,
3. Принять в расходы можно только если фирма на ОСН или ЕНВД, а при УСН15% - нельзя

,
4. Понятно, что такие выплаты облагаются НДС, если фирма плательщик,
5. Органы могут ко всему придраться. К суду надо быть готовым всегда, а для этого см. п.1
Помнится, 2-3 месяца назад какой-то молочный комбинат в форуме спрашивал как обосновать необходимость использования другой фирмы в качестве управляющей компании. См. поиск.