Вводим всё документами:
1. Счёт
2. Выписка (покупатель оплатил счёт)
Д51 К62.2
3. С-Фактура покупателю на АВАНС
Д76АВ К68.2
... (поступление товаров, расчёт с поставщиком)
Отгрузка товаров (опускаем проводки НУ):
Д90.2.1 К41.4
Д62.1 К 90.1.1
Д62.2 К62.1
А где Д90.3 К76АВ!?