Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 12 апреля 2006 г. N 03-11-04/3/196
...
Деятельность аптек по реализации лекарственных средств отдельным категориям населения, имеющим право на получение дополнительной бесплатной помощи (по льготным рецептам) за счет частичной оплаты данных лекарственных средств уполномоченными фармацевтическими и лечебно-профилактическими организациями, как наличным, так и безналичным путем, также признается розничной торговлей и, поэтому может быть переведена на уплату единого налога на вмененный доход.
В случае полной оплаты указанных лекарственных средств уполномоченными фармацевтическими и лечебно-профилактическими организациями, их реализация не признается розничной торговлей и подлежит налогообложению в общеустановленном порядке или в соответствии с упрощенной системой налогообложения.