Еще есть такое мнение.
Для получения в 2006 г. вычета по суммам НДС, исчисленным поставщиком с сумм аванса, полученного в счет предстоящей поставки товара, представление счета-фактуры не является обязательным, поскольку указанный вычет может быть предоставлен на основании иных документов (п. 1 ст. 172 НК РФ), подтверждающих отгрузку товара (п. 6 ст. 172 НК РФ).
В Торговле счета-фактуры на авансы формируются автоматически. И благополулочно заносятся в Книгу продаж. Зачет аванса тоже автоматически. (Счета-фактуры на авансы не распечатываю. Пусть все они сдохнут)