При отгрузке делаете счет-фактуру по реализации,он включается в Книгу продаж,а выписаныый ранее счет-фактура на аванс включается в Книгу покупок.Если работаете в программе,это будет сделано автоматически при зачете аванса (если в договорах отмечено автоматическое включение в книги продаж и покупок)