"Если начисления ведутся по разным источникам (разделам КБК и т.п.), то единственный надежный способ их не спутать - завести отдельный журнал расчетов." Бред какой-то. Кто Вам такую ерунду сказал?
"Как пользователь 1С может добавить новый вид оплаты и настроить его зависимости (НДФЛ, отпуска и т.п.) - эт вообще невозможно представить, такие манипуляции в конфигураторе для него не под силам.
" Ещё больший бред. Есть произвольные виды начислений и удержаний, именно для пользователей.
"Пользователи 1С-Бухгалтерия, подскажите, как пользователю можно выполнить оборотно-сальдовую ведомость (стандартную) по 3-м уровням группировки: напр., амортизационной группе НФА, Администратору (первом 3 знакам КБК), и СубКЭСРу+Мероприятие" Вот с этим согласен - в отличие от предыдущих пунктов, этот недостаток имеет место быть.
"По сути дела, Смета умеет читать md-файл конфигуратора 1С, и на основании его анализа выполнять выгрузку из любой конфигурации, без дополнительной корретировки скрипта выгрузки." Мне трудно обосновать кратко, но это тоже бред.