НК Статья 156. Особенности определения налоговой базы налогоплательщиками, получающими доход на основе договоров поручения, договоров комиссии или агентских договоров
1. Налогоплательщики при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров поручения, договоров комиссии либо агентских договоров определяют налоговую базу как сумму дохода, полученную ими в виде вознаграждений (любых иных доходов) при исполнении любого из указанных договоров.
Не возникает налоговой базы у комиссионера при отгрузке - не возникает и права на вычет
Собственно и начислять НДС с полученного аванса комиссионер должен только в части своего вознаграждения, но если очень хочется, то начислить лишнее не запрещено. А вот уменьшить начисленное уже затруднительно.