тут писали, что электронную переписку можно нотариально заверить - попытайтесь заверить
+ платежка
+ пропуск работником срока исковой давности, т.к. он не мог три года не знать, что не получает зарплату.
Это всё, что у вас есть в вашу пользу.
Если работник не сможет доказать, что это было материальной помощью или подарком, то организация вправе потребовать возврата суммы. Слово против слова, насколько я понимаю.
Обычно квартиры покупаются на таких условиях далеко не каждому рядовому работнику. Да и не каждый человек способен жить три года совершенно без денег... А даже мало лишь кто...
И не факт, что работник сам не предпринял какие-то меры к пропаже документов. И претензии к работнику - тоже не факт, что объективные...
Это я к тому, что на самом деле там, скорее всего, еще нечище, чем кажется.