grandpa, какие-то странные у вас фантазии. Почему Вы считаете всех дебилами, ведущими учет хрен знает в чем и хрен знает как? Вам не повезло встретить в жизни ни одного квалифицированного бухгалтера? Сочувствую. Но если Вы думаете, что Вы тут главный специалист по бух.учету, поверьте, Вы заблуждаетесь.
В обычной максимально распространенной ситуации складской учет ведется в специализированной складской программе кладовщиком (например), там нет никакого бух.учета от слова "вообще", а сама логика программы считает себестоимость так, как настроена программа и не позволит отсебятину.
И достаточно выгружать в бух.программу только сводные данные, чтобы получить достоверную информацию для создания бухгалтерской и налоговой отчетности.