В Постановлении Пленума ВАС
№ 57 от 30.07.2013 говорится, что пени должны быть уменьшены соразмерно сумме налога:
Если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога оказалась меньше сумм авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода, судам необходимо исходить из того, что пени, начисленные за неуплату указанных авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению.
Данный порядок надлежит применять и в случае, если сумма авансовых платежей по налогу, исчисленных по итогам отчетного периода, меньше суммы авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого отчетного периода.
Ранее Минфин в Письме
№ 03-03-06/1/15 от 22.01.2010 на примере разъяснял, как должны начисляться пени на просроченные авансовые платежи. В данном письме речь идет об авансах по налогу на прибыль, но для УСН алгоритм аналогичен.