Какого Закона? ОК пусть откроет ТК и Договор ЕАЭС.
Цитируемая (скорее всего) статья 327.5 абзацы 4 и 5 не относятся к временно пребывающим гражданам из государств ЕАЭС.
Если с вашей сотрудницей прекратят ТД по таким за уши притянутым причинам - посоветуйте ей обратится за помощью в посольство Киргизии или землячество, там юристы быстро в чувство приведут ваш ОК и отсудят не только восстановление на работе и кучку всяких компенсаций.
Я уж молчу, что в момент пересечения границы регистрация аннулируется, потому что она завязана на конкретную миграционную карту. Но человеку за границей РФ не требуется никакая регистрация в РФ.