Если организация – поставщик доставляет товары покупателю силами сторонней транспортной организации на основании агентского договора, то она перевыставляет счета-фактуры, полученные от перевозчика на имя покупателя, указывая в качестве Продавца – перевозчика, в качестве покупателя – покупателя.
Если у поставщика агентский договор с покупателем отсутствует, и поставщик получает от покупателя возмещение транспортных услуг, то полученные суммы возмещения поставщик облагает НДС по пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ, предъявляя при этом к вычету суммы НДС, предъявленные перевозчиком.
Возмещение расходов по транспортировке
письма Минфина РФ от 21.03.2013 № 03-07-09/8906,
от 15.08.2012 № 03-07-11/299
если согласно условиям договора продавец обязуется организовать доставку товаров грузополучателю, а покупатель - возместить понесенные продавцом транспортные расходы, то в счете-фактуре, выставляемом продавцом по отгруженным товарам, услуги по транспортировке товаров, реализуемые перевозчиком, не указываются;
если по договору комиссии (агентскому договору) продавец оказывает услуги покупателю товаров по приобретению от своего имени услуг по транспортировке товаров, то вычеты НДС покупателем товаров по услугам по транспортировке производятся на основании счетов-фактур, составленных (перевыставленных) продавцом, в которых указывается наименование транспортной организации, а не продавца товаров;
счета-фактуры, выставленные продавцу товаров организациями, оказывающими ему транспортные услуги, не являются основанием для применения налоговых вычетов у покупателя.
письма Минфина РФ от 22.10.2013 № 03-07-09/44156, от 06.02.2013 № 03-07-11/2568, от 15.08.2012 № 03-07-11/300
возмещение покупателем расходов, понесенных поставщиком товаров в связи с их доставкой включается в налоговую базу по НДС по пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ;
у покупателя, перечислившего средства на возмещение, основания для вычета сумм НДС, исчисленных поставщиком, отсутствуют
суммы НДС по транспортным расходам подлежат вычетам у поставщика в общеустановленном порядке.
Альтернативный подход:
постановления ФАС Поволжского округа от 12.08.2013 № А66-7801/2009, ФАС Московского округа от 18.10.2012 № А 40-18642/12-20-86, от 27.04.2010 № КА-А40/4081-10, ФАС Уральского округа от 25.05.2009 № Ф09-3324/09-С3, ФАС Центрального округа от 01.07.2009 № А54-3828/2008С8, ФАС Северо-Кавказского округа от 13.01.2010 № А53-9707/2009.