Насколько я понял по сложившейся судебной практике, если филиал (он же обособленное подразделение) находятся на территории одной административной единицы (город например), то регистрировать ничего не надо - налоги то идут в тот же самый бюджет. Если нет - то надо. Для меня пока тоже больной вопрос. Очень неприятные ощущения иметь дело с налоговой - которую в глаза не видел (ну было пару раз - это не считается).