Сергей, у Вас есть несколько вариантов решения проблемы.
1. Попросить установить лично для Вас режим гибкого рабочего времени. Правда, при это м кто-то должен учитывать рабочее время, отработанное непосредственно Вами. Но только в этом случае отпадёт угроза депремирования за нарушение распорядка дня.
2. Попросить сместить для Вас начало и окончание рабочего дня с тем, чтобы Вы могли эффективно выполнять свои должностные обязанности не мешая работе других пользователей системы.
3. Попросить установить для Вас ненормированный рабочий день, что не даст Вам права опаздывать на работу, зато компенсирует возможные задержки после работы предоставлением дополнительного отпуска.
4. Соблюдать ПВТР, но работы в монопольном режиме выполнять, выгоняя всех пользователей из системы за определённое время перед окончанием рабочего дня. Или в обеденный перерыв.
Вам придется убеждать своё начальство, что Вы в принципе не сможете выполнять все свои должностные обязанности в рабочее время, если не будут решены эти вопросы обеспечения нормальных условий труда. А опаздывать всё равно нехорошо.