Приобрели ОС(машину), заплатив НДС, ввели в эксплуатацию, предъявили НДС, а через 3 месяца работы перешли на ЕНВД по деятельности в которой участвует приобретенное ОС. Что делать с предъявленным НДС?

Думаю, нужно действовать в том же порядке, что и при получении налогового освобождения по ст.145.п.8:
«Суммы налога, принятые налогоплательщиком к вычету в соответствии со Статьями 171 и 172 настоящего Кодекса до использования им права на освобождение в соответствии с настоящей статьей, по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, приобретенным для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с настоящей главой, но не использованным для указанных операций, после отправки налогоплательщиком уведомления об использовании права на освобождение подлежат восстановлению в последнем налоговом периоде перед отправкой уведомления об использовании права на освобождение путем уменьшения налоговых вычетов.»
Аналогия между операциями по деятельности, переведённой на ЕНВД, и операциями, освобождёнными от НДС по п.2 ст.146 прописана в п.4 ст.170.
Тем не менее, в кодексе не указан механизм восстановления НДС по основным средствам, эксплуатация которых начата до получения освобождения (перехода на уплату ЕНВД).
Наиболее логичным мне кажется следующий механизм: восстановлению подлежит сумма налога, приходящаяся на остаточную стоимость объекта. По моему мнению, налоговые органы возьмут на вооружение именно его. Тем не менее, налогоплательщики, кто посмелее, могут попробовать отсудить всё сумму налога, в случае, если основное средство эксплуатировалось хотя бы месяц до перехода на ЕНВД (получения освобождения).
Однако, в связи с введением в действие нового Кодекса об административных нарушениях (настоятельно рекомендую изучить) количество смельчаков может сильно поубавиться.