Рассмотрим две ситуации (примитивно конечно, но все же):
1)У сотрудника 2 ребенка.
Совокупный доход на 15 января - 39999.
НДФЛ - 39999-1200*0,13=5216
К выплате - 39999-5044=34955
Совокупный доход на конец месяца - 79998.
НДФЛ - 79998*0,13=10400
К выплате за месяц - 79998-10400=69598
Итого: За первую половину - 34955.
За вторую - 34643.
Суммы разные, так что пени, штрафы.
2)У сотрудника 2 ребенка.
Совокупный доход на 15 число - 39999.
НДФЛ - 39999-1200*0,13=5044
К выплате - 39999-5044=34955
Совокупный доход на конец месяца - 40120.
НДФЛ - 40120*0,13=5216
К выплате за месяц - 40120-5216=34904
Итого: сотрудник должен 51 рубль.
А если сотрудник уволился и не хочет возвращать деньги. Кто виноват, с кого содрать деньги?
Эти примеры говорят о том, что не возможно в середине месяца рассчитать зарплату с точностью до копейки, только "примерно". А если примерно, то платите аванс 37%.
Хотя в ветке изложено несколько вариантов, выбор за Вами.