Когда главбух в отпуске, его обязанности все равно кто-то обязан выполнять. Это рядового бухгалтера может временно не быть, или менеджера, или замдиректора.
Но в любой момент руководитель и главный бухгалтер (если он есть в штатном расписании) должны быть.
Ещё раз - формальных запретов на заключение договоров ГПХ нет.
Если хотите, это мое личное мнение (ИМХО), что оформление договора ГПХ на выполнение обязанностей главного бухгалтера будет признано налоргами уклонением от налогобложения.
Если Вы считаете не так - пожалуйста, это Ваше право.