Понимаете, расчеты по НДС "российскому" и НДС "экспортному" ведется раздельно, в том числе и в л\с в налоговой. А как Вы сможете доначислить НДС за декабрь 2006 сейчас? Баланс сдан и т.д. В налоговой начислят Вам за тот месяц, в котором была отгрузка, и соответственно пени за несвоевр.уплату, а в бух. учете Вы начислите в момент получения решения. Мы уже по такой схеме работем более 3-х лет, и проверки проходили, претензий нет от ревизоров.
А по поводу суда: в налоговой Вам навряд ли возместят,т.к. найдется еще придирка какая- нибудь и т.д. В суд можно в течение 3-х месяцев с даты получения решения. Нам вот, например все признавать стали только после суда
Хотя, я думаю, что у Вам надо сначала попробовать подать повторно(с отметкой таможни).