Здесь, на мой взгляд, проблема в платеже на 1 млн.
Стандартная процедура: при поступлении денег на р/с ИП в сумме, превышающей 400 тыс., просят документы по этому договору + документы по предыдущему (вне зависимости от суммы), и последующему.
У меня был такой вариант в 2013 году (ИП на УСН 6%, оказываю консультационные услуги) - дал копии договоров и копии актов на оказание услуг. На этом все закончилось.