Что у Вас в договоре целевого финансирования, в смете, может быть, в учётной политике по поводу признания расходов по смете? Я бы в налоговом учёте списывала такие расходы поэтапно, по факту оплаты и выполнения работ. И заполняла бы "использовано по назначению в течение установленного срока". Но, опять же, нужно смотреть документы. Может у Вас там написано, что средства целевого финансирования считаются использованными по назначению лишь после введения объекта в эксплуатацию?
__________________
С уважением, Ольга.