Мне вот такие разъяснения пришли:
"Начисленный доход и исчисленный НДФЛ с мартовской зарплаты покажите в разделе 1 расчета 6-НДФЛ за I квартал (строки 020 и 040). Удержанный налог в строке 070 раздела 1 не отражайте.
В разделе 2 зарплату за март, выплаченную в апреле, показывать не надо (письмо ФНС России от 25.02.2016 г. № БС-4-11/3058). Эти доходы относятся ко II кварталу.
Если зарплату за март выплатили в марте, учтите эти суммы в разделе 2 расчета за I квартал. Даже если срок перечисления налога выпадет уже на апрель"