Главный плюс в своеременности получения документов и такой же быстрой возможеости их исправления.
Печатать не надо всё, только то, что для перевозки надо.
Если вас покупатель к ЭДО склоняет, то вероятно у кладовщика есть ЭЦП. Как и на бумаге - придет товар, подпишет. И вы об этом сразу узнаете.
В 1с или не в 1с, через какого оператора работать, вариантов много. У вас что есть сейчас и через какого оператора ваши контрагенты ведут ЭДО?
Хранить электронно. Как именно организовать, уточните у оператора.
Переходите. Это ж не значит, что сразу со всеми, на ком-нибудь одном потрннируйтесь, вдруг понравится