Кстати, по одной организации (где сертификат не прошел проверку валидности) дали ответ:
Сертификат организации сформирован с нарушением Федерального закона от 06.04.2011 № 63-ФЗ «Об электронной подписи»
Путь сертификации не строится до Головного удостоверяющего центра, что не позволяет использование сертификата для информационного взаимодействия через Внешний портал Банка России.
Рекомендуем обратиться в УЦ, выдавший указанный сертификат.
Будем писать дальше, потому что у нас полный путь.