Добрый день!
У ИП, зарегистрированного в Москве:
УСН (услуги) в Москве - НДФЛ за работников платим в ИФНС Москвы,
ЕНВД (торговля) в области - НДФЛ за работников платим в ИФНС Моск. обл.
А что со страховыми взносами работников в 2017г.? Платить их тоже в разные ИФНС?