А раз подали -дождитесь ответа (уведомления). Можете судиться с ФМС, что они не посылают данные в НИ вовремя, а пока удерживайте НДФЛ, согласно закону.
"Уменьшение исчисленной суммы налога производится в течение налогового периода только у одного налогового агента по выбору налогоплательщика при условии получения налоговым агентом от налогового органа по месту нахождения (месту жительства) налогового агента уведомления о подтверждении права на осуществление уменьшения исчисленной суммы налога на сумму уплаченных налогоплательщиком фиксированных авансовых платежей.Налоговый агент уменьшает исчисленную сумму налога на сумму уплаченных налогоплательщиком фиксированных авансовых платежей на основании письменного заявления налогоплательщика и документов, подтверждающих уплату фиксированных авансовых платежей, после получения от налогового органа уведомления, указанного в абзаце втором настоящего пункта.
Налоговый орган направляет указанное в абзаце втором настоящего пункта уведомление в срок, не превышающий 10 дней со дня получения заявления налогового агента, при наличии в налоговом органе информации, полученной от территориального органа федерального органа исполнительной власти в сфере миграции, о факте заключения налоговым агентом с налогоплательщиком трудового договора или гражданско-правового договора на выполнение работ (оказание услуг) и выдачи налогоплательщику патента и при условии, что ранее применительно к соответствующему налоговому периоду такое уведомление налоговыми органами в отношении указанного налогоплательщика налоговым агентам не направлялось.-227.1 НК.