Напишите письменный запрос о неполучении счетов и актов
2 варианта - они вам счета не выставляли (вы за них не расписывались)
или выставляли, есть ваша подпись, но вы их потеряли.
тогда читайте, что в договоре на этот случай прописано. А может в договоре ничего на эту тему и в рамках госконтракта они с вас лишней копейки не имеют права брать. оплата за дубликаты пойдет в счет оплаты за услуги по контракту

Что за услуга - выдача дубликата счетов, сколько стоит, может за 3 копейки разговору больше, заплатите наличкой и получите счета.