насколько я представляю себе карточку лицевого счета в налоговой - там указан именно ОКАТО - и по логике - отчеты за 4 квартал должны отнестись туда же. С другой стороны - налоговая производит "перевод" сальдо на новые карточки по состоянию на 01.01.2014. Иногда - даже в другую программу. Поэтому все декларации и расчеты должны содержать ОКТМО. В тех бланках, которые уже изменили (например имущество и ЕНВД) - уже есть графа ОКТМО. Там где нет - в графе ОКАТО надо указать ОКТМО в соответствии с письмом ФНС РФ от 25.12.2013 № ГД-4-3/23381. (там и про справку 2-НДФЛ написано!!).
Программные комплексы Астрал-Отчета уже готовятся к этим изменениям, чтобы пропускать файлы без ошибок. Еще надо обновить 1С - так как форматы (размер кода) ОКАТО и ОКТМО разные.