Если в лицевом счете у жителя стоит с минусом, ставьте с минусом. Указываете обязательно "в т.ч. с НДС", как и в счете/акте!
Если у вас все начисления по коммуналке делает РКЦ, то я бы на вашем месте в 1С-ку разносил ежемесячно общие суммы начислений. Так проще, а аналитику по лицевым счетам вам РКЦ ежемесячно предоставляет.