Если это один и тот же учебный отпуск по одной справке-вызову, то средний должен быть рассчитан один раз и оплачен за всё время в соответствии с заявлением на отпуск в пределах срока справки-вызова. Может, Вы писали несколько заявлений на учебные отпуска? Тогда каждый рассчитывается по-своему, но различие, ИМХО, более 10% быть не должно (за исключением некоторых экзотических случаев).