В 2007 г. в связи с вступлением в силу Закона об автономных учреждениях была введена новая организационно-правовая форма "автономное учреждение" и бюджетные учреждения получили возможность изменить свой тип. Изменение типа государственного или муниципального учреждения одновременно означает и изменения в порядке ведения бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности, ведь требования организации бюджетного учета на автономные учреждения не распространяются.
Организации (кроме кредитных и бюджетных) всех форм собственности и организационно-правовых форм, ведущих учет методом двойной записи (сюда входят и автономные учреждения), ведут бухгалтерский учет в соответствии с Планом счетов бухгалтерского учета финансово-хозяйственной деятельности организаций и Инструкцией по его применению, утвержденными Приказом Минфина России от 31.10.2000 N 94н. Этот План счетов еще называют коммерческим. Кроме того, в целях организации бухгалтерского учета АУ должны руководствоваться положениями (стандартами) по бухгалтерскому учету, устанавливающими принципы, правила и способы ведения организациями учета хозяйственных операций, составления и представления бухгалтерской отчетности (за исключением ряда положений, не применяемых в отношении некоммерческих организаций). Так, АУ должны использовать Положение по ведению бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности в РФ. Это Положение определяет порядок организации и ведения бухгалтерского учета, составления и представления бухгалтерской отчетности юридическими лицами по законодательству РФ независимо от их организационно-правовой формы (за исключением кредитных организаций и бюджетных учреждений), а также взаимоотношения организации с внешними потребителями бухгалтерской информации.
Также АУ должны ориентироваться на ПБУ 4/99. Данным документом установлены состав, содержание и методические основы формирования бухгалтерской отчетности организаций, являющихся юридическими лицами по законодательству РФ, кроме кредитных и бюджетных организаций. Указания об объеме форм бухгалтерской отчетности, а также Указания о порядке составления и представления бухгалтерской отчетности утверждены Приказом Минфина России от 22.07.2003 N 67н.