Это известный косяк от нуралиевских ламеров.
Вы на уволенных 1-НДФЛ наверное сохраняли, вот она теперь ими и задваивает суммы (к сч. ДФЛ добавлет данные из сохраненных карточек).
Для исправления очищайте и сохраняйте снова карточки 1-НДФЛ и пишите претензии Нуралиеву с требованием устранить этот баян ...