Проверяйте: либо где-то в приходной накладной не установили флажок НУ, либо во вводе остатков не установили галки "Ввод остатков по налоговому учету" и "Ввод остатков по специальным регистрам".
Проверить наличие материалов по НУ ИП можно с помощью отчета: Отчеты - Прочие - Остатки и обороты. Раздел учета: ИП МПЗ.