На УСНО я делаю так:
когда был пробит чек (напр., 15.10.2009г.) оформляю бух.справку (при УСНО в типовой конфигурации нет такого документа, как бух справка, зато есть операция):
Д 57.1 - К 90 = сумма пробитого чека по экварингу (напр., 100 руб.)
Н01 (100 руб.)
Н03 (100 руб.)
Далее 19.10.2009 г. приходуются деньги по р/с : Д 51 - К 57.1 (90 руб.) и ставлю доходы НЕ принимаемые к НУ.
В этот же день 19.10.2009 г. делаю еще одну бух.справку (операцию):
Д 76.5 К 57.1 -комиссия банка (напр., 10 руб.)
Д 91.3 (если УСНО 6%) К 76.5 -комиссия банка (напр., 10 руб.)
Н04 - комиссия банка (напр., 10 руб.).
В итоге нужная сумма (100руб) попадает в книгу учета доходов и расходов. Если у Вас УСНО 15%, то нужно дополнить проводками расходы на комиссию банка.