Используете ли вы счет 46 нужно определить для себя заранее и отразить это в УП, можно его использовать, а можно не использовать.
КС-ы, которые вы выставили за июль-сентябрь носят уведомительный характер и не обязывают вас отражать реализацию, соответственно и выставлять с-ф. А вот в декабре сдадите свой этап на сумму 34 млн и закроете этап со всеми вытекающими: отражение выручки, выписка с-ф.... До этого момента все ваши затраты являются незавершенным производством и ждут своего часа на счете 20, в декларацию по прибыли в настоящий момент они не попадают.
Про 1С есть отдельный раздел
http://forum.klerk.ru/forumdisplay.php?f=60 наверняка там уже есть ответ на Ваш вопрос.