Подшиваем отдельно выставленные счета-фактуры от актов, хотя на пред.предприятиях обычно всегда подшивала вместе, но теперь КС подшиваем с договорами, так нагляднее для остальных сотрудников. Полученные вместе, потому что если накладные и счет-фактуры на материалы (приличный объем) подшить раздельно концов можно не найти. Лично мне кажется организация документооборота во многом еще зависит от подребностей и внутренних пользователй (директора, менеждеры)