Если рубли, то не залог, а задаток (ГК РФ).
Если сотрудники милиции действовали "на обум":
нет постановления и Вашей подписи в нем;
во время проверки не присутвовал руководитель организации;
не было понятых;
Вам не вручен был протокол или акт по результатм проверки под подпись.
Думаю, что Вам следует расслабиться и затеять с ними официальную переписку: сделать запрос, уточнить фио проверяющих, основания и номер поручения и т.д. Того, кто расписался в обязательствах зашлите в командировку или очередной трудовой отпуск...
Имейте в виду то, что кассовую дсициплину (а Вас пока тока за это мона оштрафовать на 40 тыс. руб.) может проверять только ИФНС! Но если Вы сами признаетесь... то.
И пишете на них жалобы в прокуратуру, нач. РОВД... Т.к. они нарушили закон о ОРМ, о милиции, УПК.. все подряд.
Только все нужно фиксировать (когда, во сколько, кто, октазались от записи в журнальчик - акт составьте).
Пишите письма-запросы в:
1) милицию;
2) прокуратуру;
3) жалуйтесь в суд.
Постарйтесь сейчас оценить ДОКУМЕНТАЛЬНО ущерб, который вам нанесли сотрудники милиции, чтобы потребовать взыскания с них в судебном порядке. Это для них как красная тряпка...
Ну а вообще лучше нанять юриста (адвоката), который во всем этом имеет опыт.
Ваша тактика сейчас - не давать никакой информации.

Не сопротивляйтесь, мол, согласны, но... не можем, работник уехал, не понятно... и проч.
Всем сотурдникам инструкции: чтобы говорили, что ничего не знают и не помнят - все ??? к руководителю (а он в отпуске, например).