ИП и НДС

[фуф]

ИП на ЕНВД открыл новый вид деятельности, подал заявление на УСН по новому виду в апреле 2014г. По итогам года сдал отчетность.
В октябре прошла проверка налоговой, по итогам которой выяснилось что отказали в УСН (писем не было ни с отказам ни с разрешением) соответственно должны отчитаться как на ОСНО. Как правильно поступить, что делать? Счета выставлялись без НДС.

[Январь]

Платить НДС с тех доходов, которые не попадали под ЕНВД. Возможно, сохранились счета-фактуры от поставщиков, можете вычеты применять
Не важно, был ли в счетах НДС, если он там должен был быть, а перейти на УСН можно только с начала года, а никак не в апреле

[фуф]

Я пытаюсь разобраться, только несколько дней работаю, предыдущий бухгалтер испарился. (В общем мопед не мой, я только разметил объяву )
То что платить придётся понятно.
Счета - фактур выставлять задним числом?
В 2015 году работали с одним контрагентом по одному договору, он оплачивал раз в месяц по объему выполненных работ.
Можно ли с ним доп. соглашение написать?

[Январь]

Счета - фактур выставлять задним числом?

Ну а каким же еще

Можно ли с ним доп. соглашение написать?

Про уточнение стоимости? Подпишите. А НДС ему не нужен был?

[фуф]

контрагент на усн, ндс ему не нужен