Нужно.
База по НДС определяется на наиболее раннюю из двух дат: либо на дату получения аванса, либо на дату отгрузки.
Получили аванс - начислили с него НДС к уплате. Отгрузили в счёт этого аванса - ставите НДС с аванса к вычету, а с отгрузки -к уплате.
У вас получается, что в том налоговом периоде, когда получили аванс, занижена сумма НДС к уплате.