Сдаете две формы:
1. 6-НДФЛ за период постановки на учет в налоговом органе по прежнему месту нахождения с указанием ОКТМО по прежнему месту нахождения организации;
2. 6-НДФЛ за период после постановки на учет в налоговом органе по новому месту нахождения с указанием ОКТМО по новому месту нахождения организации.
При этом в обеих 6-НДФЛ указывается КПП организации по новому месту нахождения организации.
для 6-НДФЛ не имеет значения, что, когда и куда платили
попробуйте. Только не все налоговые идут навстречу, к сожалению...