Ну то что их проверяет оперативный контроль то я знаю, но они то проверяют сам факт применения и правильность формирования фискальных документов, достоверность данных в этих документах. Далее информация идёт в камеральные отделы и отделы выездных проверок ну и в новые контрольно-аналитические. Собственно сам факт приверженности кассового чека к той или иной системе налогообложения интересен камералам.
Я всё это веду к тому что бы потом не было проблем когда ваши декларации проверять будут.