Прямое указание на единую хронологию всех составляемых налогоплательщиком счетов-фактур появилось в 2012 году с выходом постановления Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137. В действовавшем ранее постановлении Правительства РФ от 02.12.2000 № 914 таких норм не было, поэтому зачастую бухгалтеры счета-фактуры на отгрузку и на предоплату нумеровали отдельно — так было удобно. Теперь этого делать не стоит, дабы не вызвать нареканий со стороны проверяющих.
Однозначно против отдельной нумерации авансовых счетов-фактур выступает Минфин России (письма от 16.10.2012 № 03-07-11/427 и 10.08.2012 № 03-07-11/284).