И у нас такая же ситуация, перешли в середине 3 квартала 2017 в другую МИФНС, сдали 6-НДФЛ на новое ОКТМО, пришло Требование на уплату НДФЛ. Позвонила в МИФНС, мне сказали, что нужно в ответ на Требование написать письмо, к которому приложить сверку с бюджетом и платежки на уплату НДФЛ. Сказали, что все должны перезачесть! По результатам отпишусь)