Чек пробит в любом случае, в доходы тоже попадает в любом случае, не вижу нарушения кассовой дисциплины, может коллеги меня поправят, но я не вижу. Недостача наличных денег не свидетельствует о неприменении ККТ и не является поводом для штрафа. Поэтому корректировать недостачу так же, как неучтенную выручку, необязательно. Достаточно пробить обычный чек с признаком расчета «возврат прихода» на сумму недостачи. Плюс к этому кассир должен написать объяснительную записку и раскрыть в ней причины недостачи.