По Налоговому Кодексу (ст. 346.17) доходы нужно учесть при расчете налога на день поступления денег на счет в банке или в кассу, или на день погашения задолженности клиентом другим способом. Поэтому доходы в иностранной валюте учитываются на день получения денег на транзитный счет. Минфин придерживается такого мнения. Вот его письма от 27.01.2012 N 03-11-06/2/10, от 20.12.2011 N 03-11-06/2/181
Да, транзитный счет является внутренним счетом банка и открывается для специального предназначения без вашего согласия и заключения договора, но тем не менее выручку для расчета налога вы должны учитывать на день поступления денег на транзитный счет.