Ну теперь получается, что вы согласовали новые условия(новую стоимость и новую дату оплаты), а ни чего не получили взамен(он раньше был обязан оплатить и сейчас обязан :-( ).
Лучше напишите новое письмо и приложите его в суд. Возможно ИП сам не приложит соглашение об изменении стоимости и срока. А если приложит, то в суде объясните как его понимаете вы(шанс 50/50 как его суд трактовать будет).
По поводу отправки заказным письмом подтверждает получение(хотя лучше с описью, что бы не сказал, что получил пустой конверт)
ответ на письмо также подтверждает, что получил.
А вот журнал учета корреспонденции(в котором исх.номер с датой) это ваш внутренний и однозначно не подтверждает.