Что касается ИНН ИП в Книге покупок декларации по НДС. Релиз отчетности 15q1006.
В справочнике контрагентов для таких контрагентов должно быть указано "физ. лицо", а не "юр. лицо". Тогда программа будет правильно заполнять в декларации в разделе 8 ИНН продавца у счетов-фактур с такими контрагентами. Но это не исправляет проблему в целом, так как при выгрузке восьмого раздела в файл программа пропускает XML раздел с ИНН по физическим лицам.
Вывод, либо заполнить ИНН для Физ. лиц в программе проверки и сдачи отчётности (Контур Экстерн или аналогичной), либо дождаться очередного обновления форм отчётности.