1. Насколько я помню, в НК такого требования (в части наличия в комплекте файла программы) нет, но есть письмо, в соответствии которым, органы ФНС должны вести базу импортеров в эл виде. И как я понимаю, они это просто переложили на нас самих же. В интернете ее проще найти, введя в поиске слова "ПИК НДС". Особых сложностей с заполнением там нет. И камеральщикам просто так проще стыковать данные по поставщикам, доп услугам, перевозчикам и покупателям с их банками с данными своих ТКС.
2. А в чем сложность, не совсем понимаю, вы же еще на стадии принятия к учету этих материалов, РиУ, получении услуг по переработке, производстве, НДС на 19.07 относите... Может я просто что то не так понял в вопросе, тогда извиняюсь.