Сверка остатков пока является дополнительной проверкой, которая не влияет на факт приема декларации. Если не идут остатки по понятным причинам(смена КПП или названия), то в случае вопросов к вам контролирующих органов вы сможете показать документы и объяснить почему у Вас не идут остатки.
Или можете создать новое подразделение и переместить на него остатки с подразделения со старым КПП и все поступления и продажи делать на новом.