Для начала попробуйте перепровести документы с восстановлением последовательности (Закрытие месяца - Операции -Групповое перепроведение документов) , далее постройте ОСВ по данному контрагенту и посмотрите все ли поступления и оплаты прошли по одному и тому же договору. Порядок признания расхода задается в Учетной политике (проверьте), если это материальные расходы, то достаточно чтобы материалы поступили и проиошла оплата