Ну потому что по букве НК заявление подается после государственной регистрации, когда ОГРН уже известен.Почему могут отказать, из вредности что ли?
Многие налоговые принимают одновременно с госрегистрацией заявление на УСН, но Вы получается этой возможностью не воспользовались.
Отправляйте сейчас, хуже уже не будет.
В любом случае отказ будет незаконен